Hergebruik DNA gegevens voor studie naar ontstaan kanker

14 januari 2015 – Hergebruik grote hoeveelheden biologische data maakt ‘Big data’-analyse van DNA-mutaties mogelijk, zo meldt het UMCG.

Kanker ontstaat door mutaties in het DNA. Om die mutaties op te kunnen sporen, is het nodig om het DNA te onderzoeken van heel veel kankerpatiënten. Onderzoekers van het Universitair Medisch Centrum Groningen (UMCG) hebben een nieuwe methode ontwikkeld om de gegevens te analyseren van ruim 16.000 kankerpatiënten. Daarmee is dit nu wereldwijd één van de grootste oncologische studie ooit. Zij publiceerden hierover in het  tijdschrift Nature Genetics.

Informatie openbaar

De methode is ontwikkeld door een onderzoeksteam onder leiding van geneticus prof. dr. Lude Franke: “Het systematisch analyseren van het DNA van 16.000 tumoren is erg duur. Echter, in de afgelopen vijftien jaar is wel heel veel naar gen-expressie gekeken en deze metingen zijn openbaar beschikbaar. Wij hebben een nieuwe statistische methode ontwikkeld waardoor we die gegevens konden hergebruiken. Van ruim 16.000 tumoren hebben we zodoende kunnen bepalen welke veranderingen in het DNA voorkomen. We zagen dat bepaalde afwijkingen in het DNA erg vaak voorkomen, terwijl andere afwijkingen alleen bij specifieke tumoren, zoals borstkanker, voorkomen.”

Nieuwe bril

Medisch-oncoloog dr. Rudolf Fehrmann geeft aan dat het hierdoor mogelijk is om door een nieuwe bril te kijken naar gen-expressieprofielen van de afgelopen vijftien jaar. “Het heeft ons nu in staat gesteld om bijvoorbeeld voor een moeilijk te behandelen groep van kankers (namelijk die met vele fouten in het DNA) nieuwe potentiële therapeutisch aangrijpingspunten te vinden. Deze worden op dit moment verder onderzocht met experimenten in het laboratorium.”

Big data

De onderzoekers onderzochten 80.000 expressieprofielen. Zo’n grootschalige ‘big data’ aanpak was tot voor kort onmogelijk, maar met de komst van betere computers en nieuwe wiskundige technieken kan op deze wijze zeer efficiënt onderzoek worden gedaan. Grote hoeveelheden gegevens, ooit verzameld voor een compleet ander doel, komen nu van pas om beter inzicht te krijgen in het ontstaan van kanker. Dit maakt nieuwe studies op dit gebied mogelijk en dat bespaart een hoop geld.

Meer informatie

 

Ontvang ook onze nieuwsbrief
Praat mee